Đầu thế kỷ XIX, thành phố Nha Trang ngày nay còn là một bãi biển hoang sơ với một làng chài vài mươi nóc nhà tranh ở xóm Cồn dọc theo cửa sông Cái. Chỉ có duy nhất một ngôi nhà xây 2 tầng lầu mầu trắng là nhà làm việc của Bác sĩ Alexandre Yersin (lầu ông Năm). Người đến đây bằng đường biển sẽ thấy ngôi nhà trắng trước tiên, Nha Trang chính là “nhà trắng” được gọi chệch đi. Đó là cách kiến giải về xuất xứ tên gọi Nha Trang của những người ngưỡng mộ A. Yersin, một công dân đặc biệt của thành phố.
Còn Theo nhiều nhà nghiên cứu, tên Nha Trang bắt nguồn từ tiếng Chăm. Đó là Ea Tran hay Yjatran. Ea hay Yja là sông. Tran là lau lách (sông Lau). Gọi như vậy là vì xưa kia, lau lách mọc đầy hai bên bờ sông Cái đổ ra cửa biển Cù Huân (Nha Trang ngày nay). Lâu dần nó được gọi chệch thành Nha Trang. Tên sông sau thành tên đất, rồi được dùng cho cả vịnh biển ôm ấp và làm đẹp cho vùng đất.
